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研究者インタビュー Vol.2 2026.11.04 掲載

「自分のためのデータ管理」から広がる研究の未来

——電子ラボノート(ELN)の試験導入と研究データ管理(RDM)の実践

竹邊 日和 情報環境機構データ運用支援基盤センター 助教
話し手

竹邊 日和 (たけべ ひより)

京都大学 情報環境機構データ運用支援基盤センター 助教

※所属・役職は取材当時(2026年10月19日)のものです。

はじめに

京都大学学術情報リポジトリ(KURENAI)公開20周年記念企画・研究者インタビュー第2弾をお届けします。今回は、有機合成化学の最先端研究で博士号を取得され、現在は京都大学情報環境機構データ運用支援基盤センター助教として学内の研究データ管理(RDM:Research Data Management)や電子ラボノート(ELN:Electronic Laboratory Notebook)推進に携わっておられる竹邊日和先生にお話を伺いました。博士論文のKURENAIでの全文公開から、京都大学の学生実験におけるオープンソース電子ラボノートの試験導入、研究者にとってのRDMの本質、そしてAI for Science時代におけるRDMの在り方まで、現場のリアルな実感と未来への視点を語っていただきました。

1. 二つの柱:有機合成化学の探求とRDMの推進

——竹邊先生は最先端の有機合成化学研究に取り組まれる一方で、データ運用支援基盤センターでRDMの研究にも携わられています。研究の背景や二つの分野に関わられるようになったきっかけをお聞かせください。

竹邊助教: 私には大きく分けて二つの柱があります。一つは学生時代から続けている有機合成化学の研究、もう一つが情報環境機構に着任してから取り組んでいる研究データ管理(RDM)の実践と支援です。自身の化学研究を推し進めながら、実際の実験現場において電子ラボノート(ELN)を活用し、研究データのライフサイクルをいかにスムーズに回せるかを探求しています。

有機化学に惹かれた原点は、高校3年生で習った化学反応のパズル的な面白さでした。大学4年で研究室に入った際、サイコロのような立体構造を持つ「キュバン」という化合物に出会い、「こんなに綺麗な形の分子があるのか」と衝撃を受け、かご型炭化水素分子の不斉合成や足場編集(Scaffold Editing)の研究に夢中になりました。

一方、RDMに本格的に関わり始めたのは、2025年2月に情報環境機構へ着任したことがきっかけです。直後の3月に開催された奈良先端科学技術大学院大学主催の第1回NAIST電子ラボノートフォーラムで、オープンソースの電子ラボノート(eLabFTW)を知り、「これを使えば実験現場のデータ管理をサポートできるのでは?」という思いから学内での試験導入に乗り出しました。

2. 博士論文のKURENAI公開とオープンアクセスの意義

——2025年1月に取得された博士論文『Comprehensive Synthesis of a Group of Optically Active Caged Hydrocarbon Molecules』をKURENAIで全文公開されています。公開にあたっての意識や思いをお聞かせください。

竹邊助教: 私にとって博士論文は、「学生として大学で積み重ねてきた研究のライフサイクルを、一度きっちり締めくくるもの」という大きな位置づけがありました。博士論文に着手するまでに既に学術論文誌へ論文を発表していましたが、それらを体系的に一冊にまとめ、大学内での一連の成果を完結させる重要な区切りです。

全文公開については特に指導教員から指示があったわけではなく、学位審査の案内に従って自然に手続きを進めることができました。元の論文をすでに公表していたため、全文公開への抵抗感は全くありませんでした。学生時代に先行研究を調べる際、KURENAIで先輩方の博士論文を検索しても本文が非公開になっているケースがあり、「全文が読めないと残念だな」と感じた経験がありましたので、自身の博士論文はオープンアクセスにできて良かったと思っています。

——研究成果がオープンアクセス(OA)化されることの意義について、研究者としてどう実感されていますか?

竹邊助教: 誰もが自由に論文を読める環境を作ることは、学術の発展において非常に重要だと考えています。大学によって契約している雑誌の種類には差があり、他大学や異なる環境の研究者が論文を読めない状況が生じるのは良くないと考えています。研究費があればゴールドOAで即時公開することができますが、それが難しくても、著者最終稿を機関リポジトリで公開するグリーンOAという道もあります。どのような形であれ、研究者は成果をオープンにして世界に届けることが必要だと考えています。

3. ウェットな実験現場を変える電子ラボノート(ELN)の「民主化」

——工学部の学生実験においてオープンソースの電子ラボノートを試験導入されましたが、手応えはいかがでしたか?

竹邊助教: 私自身、学生時代は紙の実験ノートを使っていましたが、紙のノートはかさばる上、パソコンで解析した電子データや分析ファイルとノートの記載を実験番号で紐付ける作業が煩雑で、どこに何のファイルがあるか見失いがちでした。

そこで学内の学生実験(工学部理工化学科「創成化学実験」の有機合成化学分野)で電子ラボノートを導入したところ、予想以上の反響がありました。従来は手描きしていた複雑な実験装置図をスマートフォン等で写真を撮影して添付すれば良く、作業効率が大幅に向上した点や、ワンクリックで現在時刻を入力できる点、過去のノートやレポートのフォーマットの複製しやすさも高く評価され、実験後のアンケートでは約8割の学生が「紙より電子が良い」と回答しました。手書きレポートの負担を減らせること、そして学生自身がデジタルツールの扱いに慣れていることから、電子化の取り組みは学生にとても受け入れられやすかったと感じています。

——いま、電子ラボノートが注目されている理由は何かあるのでしょうか?

竹邊助教: 電子ラボノート(ELN)が注目を集めている大きな理由の一つは、研究データのデジタル化です。データがデジタル化され、さらに大量に生成されるようになったことで、その管理と活用を効果的に行うツールとして需要が高まっています。

化学分野では従来から商用のELN(ChemDraw連携のSignals Notebookなど)が存在していましたが、コスト面が壁となり、アカデミアでの普及はあまり進んでいませんでした。しかし近年、クラウド環境の整備やオープンソースのELN開発が進んだことで、アカデミアでも積極的に採用されるようになってきました。

今回の学生実験で使用したELNもオープンソースであり、ライセンス費用が発生しません。学内のサーバーを利用して低コストで構築・運用できることが決め手となり、採用に至りました。

このような背景から電子ラボノートへの注目はさらに高まっており、現在では授業での利用にとどまらず、薬学部、医学部、工学部などを中心に、研究室単位での導入も広がっています。

4. 「まず自分のため」から始まるRDMの本質と教育へのアプローチ

——研究データ管理(RDM)は不正防止やルールの遵守の側面から語られることがありますが、竹邊先生が考えるRDMの本質とは何でしょうか?

竹邊助教: 研究データ管理(RDM)というと、「ルールだから」「組織から求められているから」と義務的に捉えてしまいがちですが、

私が最も強調したいのは、

「研究データ管理をきちんとして一番得をし、助かるのは、他の誰でもなく自分自身である」

という点です。

私自身、博士課程で数年間にわたり研究をしていた際、数年前に行った実験データを掘り返したり整理し直したりする場面が何度もありました。そのとき「もう少し詳しく記録を残しておけばよかった」と痛感した経験があります。丁寧に残されたデータは、数年後の自分自身の研究を助ける一番の武器になりますし、巡り巡って次に続く後輩たちの研究をスムーズにすることにも繋がります。「将来の自分のためにデータを残す」という意識こそがRDMの最大の原動力ではないかと思います。自分のために整えたデータが、周囲の人にも活用され、最終的にはオープンサイエンスとして研究コミュニティ全体の利益に還元されていくといった形が自然な在り方ではないでしょうか。

——若手研究者や学生に対するRDM教育のアプローチについて、どうお考えですか?

竹邊助教: 重要なのは教育のタイミングです。これまでのやり方が定着している現場において、新しいアプローチを導入していただくのは容易ではありませんが、研究の世界に入ってきたばかりの学部生や大学院生の早い段階で、「RDMは自分を助けてくれる大切な作法だ」と認知・習慣化してもらうことが最も効果的ではないかと考えています。言葉で理念を説くだけでなく、「なぜデータを正しく管理するのか」という目的を日常の実験記録とセットで伝えることが大切で、そういった意味でも、電子ラボノートの活用は、研究データ管理(RDM)をスムーズに定着させるための実践的アプローチと言えます。

5. RDMの未来像とメッセージ

——研究データの生成から公開・共有まで、データライフサイクルの未来像をどう描かれていますか?

竹邊助教: 研究活動は一本道ではなく、何度も試行錯誤を繰り返して少しずつ変化していくプロセスです。そのため、データ管理計画(DMP:Data Management Plan)やメタデータも、最初に作って終わりといった固定的なものではなく、日々の研究記録や実験ノートと同期して動いていくような仕組みがRDMとして望ましい形ではないかと思います。

現在、有機合成化学でもAI for Scienceが進展していますが、日常の実験データがデジタル化されて蓄積していけば、AIを活用してメタデータを自動抽出し、論文の根拠データ作成やデータ管理計画の更新をサポートしてくれる、そんな未来も期待できるかもしれません。

日々の実験ノートに記録を蓄積し、データ管理計画やメタデータと連動させながら、最終的にKURENAIのようなリポジトリを通じて社会や世界へ共有していく――。そうしたシームレスな循環が、これからの大学や研究環境全体に根付いていくことを期待しています。研究者や学生のみなさんには、まずは自分の研究を楽にし、豊かにするためのツールとして、前向きにデータ管理に取り組んでもらえたら嬉しいです。

MORE INTERVIEWS COMING SOON

今後も学内の多様な研究者インタビューを掲載予定です

KURENAIを活用する様々な分野の研究者の声をお届けします。