Tangle analysis of DNA unlinking by the Xer/FtsK system(Knots and soft-matter physics: Topology of polymers and related topics in physics, mathematics and biology)

Abstract

DNAに作用する部位特異的組み換え酵素の働きは、タングルを用いてモデル化され、得られるタングル方程式を数学の結果を用いて解くことにより、部位特異的酵素の働きのトポロジーの特徴付けが出来る。ここでは、Grainge等(2007)によって示された部位特異的Xer/FtsKシステムによるDNA絡み目解消操作の解析を行い、その特徴付けを述べる。特にその作用を特徴付ける主要なタングルが有理タングルとなることを示す。

The action of site-specific recombinases can be analyzed using the tangle method, where the reaction is characterized topologically by solving the corresponding tangle equations. We here analyze unlinking of DNA catenanes by the site-specific recombination system Xer/FtsK (Grainge et al., 2007). In particular we show that the key tangle involved in this reaction is rational. Therefore all solutions to the tangle equations can be computed using tangle calculus.