Cistronの塩基組成の推定計算法と分子進化機構への応用(分子進化の理論,基研研究会報告)

Abstract

(1)配列確定のなされた蛋白質のアミノ酸組成から,その蛋白質をcodeするcistronの塩基組成を推定する計算式を提出した。(2)この計算式の検証に塩基配列の確定したMS2 coat protein cistronが使用された。(3)その結果,codon 1,2字目は実測値との一致を示した。3字目については前者ほどの一致が示されなかった。又GC含量については実測値と極めて密接した値を示し,最も実用できる。(4)元来,偏倚的なcodon使用をしているMS2を使用しての検証にも拘らず,1,2字目が一致し,3字目が一致しにくい理由を述べた。(5)考察として,1アミノ酸の有する複数個のcodeが実際に均等使用されているか否かを,不均等な利用のある可能性に立ってその条件を示した。(6)応用として,respiratory proteins ; Coat proteinsの"cistron Phylogenic Tree"作成及び分子進化速度の計算の準備をした。(7)さらに応用として,Ferredoxinにつき,分子内反復構造を提示し,それから原始型Ferredoxinの構造を推定,GC含量の変動の有無について検討した。(8)さらにclupeineについて,既に提出されている原子型clupeineから現分子に至る迄の進化過程を重復等に伴うGC含量の変化の有無で調べた。現在のところ,重復にはGC含量の大きな変動を伴なわないという結論を持っている。(9)又,提示された計算式の応用として,cistronの塩基配列が決定された時,使用codonか均等使用の範囲からどの程度隔っているかを定量的に表示する事が出来る。