拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション(第43回物性若手夏の学校(1998年度),講義ノート)

Abstract

本研究は、蛋白質の自然の立体構造をそのアミノ酸配列の情報のみを使って、計算機シミュレーションによって予測することを目指している。そのための戦略として、シミュレーションがエネルギー極小状態に留まらない、強力な手法を導入することが考えられる。本講義では、これらの手法のうち、拡張アンサンブル法の説明と、それによる蛋白質の折れ畳みシミュレーションの結果を紹介する。特にその一例として、マルチカノニカルアンサンブル上のモンテカルロ法及び分子動力学法について詳しく説明する。