新拡張アンサンブル法によるタンパク質系のモンテカルロシミュレーション(2000年度基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開2」,研究会報告)

Abstract

筆者は、ランダムな初期構造から全原子シミュレーションを行い、アミノ酸残基数50程度の小タンパク質の立体構造予測、折れ畳み問題を研究している。特に、拡張アシサンブル法の一つであるマルチカノニカル法をタンパク質系に適用し、シミュレーションを行ってきた。最近は、より大きな系に拡張アンサンブル法を適用するために、レプリカ交換法やシミュレーティド・テンパリング法などを取り入れ、結合することにより、新しい拡張アンサンブル法の開発することに努力してきた。本研究会では、マルチカノニカル法を適用した小ペプチド系のシミュレーションの結果を示し、更に、最近開発した新しい拡張アンサンブル法について報告した。ここでは、特に、拡張アンサンブル法の研究会ということもあるので、マルチカノニカル法について簡単にまとめ、新しく開発した拡張アンサンブル法を紹介する。